Formålet med Folkekirkens Skoletjeneste er først og fremmest at udvikle og udbyde inspirerende undervisningsprojekter til skolens kristendomsundervisning.
Projekterne tager udgangspunkt i fagformål og trinmål for kristendomsundervisningen, men vil ofte lægge op til et tværfagligt undervisningsforløb, hvor den lokale kirke inddrages som sparringspartner. Nogle undervisningsforløb rundes af med en form for afsluttende arrangement.

I forbindelse med flere af forløbene arrangerer Folkekirkens Skoletjeneste gratis kursusdag for lærerne.

Samarbejdet mellem skoler og kirker handler som udgangspunkt ikke om det enkelte menneskes religion eller personlige tro. Skole-kirke samarbejdet udspringer derimod af at skolen ifølge Folkeskolelovens §1 “skal gøre eleverne fortrolig med dansk kultur – herunder kristendom”. Folkekirken er i denne sammenhæng en oplagt samarbejdspartner, da præsterne besidder både lokalkendskab og teologisk ekspertise samt erfaring med undervisning.

Det betyder at skoletjenestens arbejde er målrettet alle elever uanset kulturel og religiøs baggrund.